Das Dorf Wunkendorf liegt 4,2 km Luftlinie 164,9 ° südöstlich von Weismain entfernt. Das Dorf befindet sich auf einer Hochebene,westlich des Bärentals. Die Hochebene gehört zu den nördlichen Ausläufern des Frankenjuras im Naturpark Fränkische Schweiz-Veldensteiner Forst. Eine Kreisstraße führt duch den Ort. Folgende Straßen führen in der Nähe von Wunkendorf vorbei oder direkt dort hin: LIF 12 und Gemeindeverbindungsstraßen.