Das Kirchdorf Kirchlein liegt 4 km Luftlinie 70,1 ° nordöstlich von Burgkunstadt entfernt. Das Dorf liegt am nördlichen Ende des Häckergrundes, durch den der Häckergrundbach fließt. Südlich des Dorfes liegt der Fleckberg (400 m), im Westen der Spitzberg (517 m). Der Ort ist von Burgkunstadt und Mainroth aus über die Kreisstraßen erreichbar. Folgende Straßen führen in der Nähe von Kirchlein vorbei oder direkt dort hin: LIF 14; LIF 15 und Ortsverbindungsstraßen.